Auch wenn der in New York geborene Eddie Kaye Thomas mit Anfang 20 richtig berühmt wurde, seine Schauspielkarriere begann bereits viele Jahre vorher. Bereits im zarten Alter von Sieben stand der Schauspieler erstmals am Broadway auf der Bühne, mit 12 Jahren spielte er erfolgreich in "Four Baboons Adoring The Sun" und mit 17 Jahren glänzte er an der Seite Natalie Portmans in "Das Tagebuch der Anne Frank".
Parallel verfolgte der Teenie jedoch auch seine Filmkarriere und hatte seinen ersten TV-Auftritt 1994 in der Kinder-Horror-Sendung "Grusel, Grauen, Gänsehaut". Seitdem kann Eddie Kaye Thomas nicht nur Filme wie "Black and White", "Harold und Kumar" und "Nick und Norah" auf seinem Steckbrief verbuchen, sondern auch Sitcoms wie "Ehe ist...". Seine mit Abstand größten Erfolge feierte der Schauspieler aber nichtsdestotrotz mit den vier Filmen der "American Pie"-Reihe, in denen er den Highschool Schüler Paul Finch spielt, der eine Schwäche für ältere Frauen hat.
Wie sein dortiger Co-Star Chris Klein ist Eddie Kaye Thomas ein großer Fan der "San Jose Earthquakes" und besucht häufig deren Spiele. Privat lebt er mit seiner Freundin Susan zusammen in Northvale, New Jersey, und besitzt ein Apartment in London.