Der Vater von Freddie Prinze Jr. war der Komiker und Schauspieler Freddie Prinze, der sich 1977, nur ein Jahr nach der Geburt seines einzigen Sohnes unter Drogeneinfluss anschoss, nachdem seine Frau Katherine Cochran sich nach zwei Jahren Ehe von ihm getrennt hatte. Er starb tags darauf an seiner schweren Verletzung. Nach der Highschool zog Einzelkind Freddie 1994 trotzdem nach Los Angeles, um dem Steckbrief seines Vaters nachzueifern.
Nachdem er erste kleinere Rollen in seinem Steckbrief verbuchen konnte, ergatterte Freddie Prinze Jr. 1996 einen Part in "Schatten der Liebe" neben Michelle Pfeiffer und Claire Danes. Seinen Durchbruch verdankte er jedoch dem 1997 erschienenen Horrorfilm "Ich weiß, was du letzten Sommer getan hast" mit Jennifer Love Hewitt und Sarah Michelle Gellar ("Buffy"). Es folgten romantische Komödien ganz nach dem Geschmack von jungen Frauen: "Eine wie keine" (1999), "Den einen oder keinen" und "Boys, Girls und a Kiss" (beide 2000): Freddie Prinze Jr. wurde zum Mädchenschwarm. In den Verfilmungen von "Scooby Doo" 2002 und 2004 wagte der Schönling sich erneut vor die Kamera, danach folgten aber eher unbedeutendere Einträge in seinem Steckbrief und er spielte eher in Gastauftritte in der Anwaltsserie "Boston Legal" (2004-2006) oder 2009 in der Echtzeitserie "24" mit. Freddie widmete sich lieber seiner Leidenschaft, dem Wrestling. Er war Mitglied des KreativTeams von World Wrestling Entertainment (WWE) und hatte einige Auftritte als Moderator, außerdem bloggt er auf der Webseite "Fan Nation".
Der treue Freddie Prinze Jr. heiratete 2002 Sarah Michelle, die er 2000 am Set kennengelernt hatte, 2009 kam dann Tochter Charlotte Grace auf die Welt. Das Paar bekam 2012 das zweite Kind.